Mubarak dilahirkan di Kafr-El-Meselha, pentadbiran Gabenor Monufiyah, Mesir. Apabila tamat sekolah tinggi, beliau menyertai Akademi Militer Mesir, di mana beliau menerima Darjah Sarjana Muda dalam Sains Ketenteraan pada 1949. Pada 1950, beliau menyertai Akademi Tentera Udara Mesir, akhirnya mendapat Sarjana Muda Sains Penerbangan, dan ditugaskan dalam skuadron pengebom. Kemudian beliau diterima masuk ke sekolah latihan juruterbang Kean, Moscow. Selepas menyempurnakan latihannya, Mubarak menjadi pegawai Tentera Udara Mesir berkhidmat sebagai juruterbang dan naik pangkat menjadi panglima markas. Kerjaya tentera udara beliau sampai kemuncaknya pada 1972 apabila beliau menjadi Kommander Tentera Udara.